متوكل در سال 243 هجرى امام را محترمانه از مدينه به سامرّاء تبعيد كرد و آن گرامى را در منزلى در كنار اردوگاه نظامى خويش جاى داد. امام تا پايان عمر يعنى تا سال 254 در همان محل اقامت داشت و او همواره امام را تحت مراقبت شديد خود نگهداشت، خلفاى پس از او نيز يكى پس از ديگرى آن بزرگوار را زير نظر داشتند تا آن گاه كه به شهادت رسيد.[25]
جريان تبعيد امام بدين گونه بود كه در زمان متوكّل شخصى به نام عبدالله بن محمد متصدّى امور نظامى و نماز در مدينه بود. او به آزار امام هادى(عليه السلام)مى پرداخت و نزد متوكّل از آن گرامى سعايت مى كرد. امام از سعايت او مطلع شد و در نامه اى، دروغ و دشمنى عبدالله بن محمد را به متوكّل تذكّر داد. متوكّل دستور داد به نامه امام پاسخ دهند و او را محترمانه به سامرّاء دعوت كنند.
متن پاسخى كه به امام نوشتند چنين است:
«بِسْمِ اللّهِ الرَّحْمنِ الرَّحيمِ. امّا بعد، همانا امير، مقام شما را مى شناسد و خويشاونديت را مراعات مى كند و حقّت را لازم مى داند... امير، عبدالله بن محمد را به جهت جهالتش به حق شما و بى احترامى و اتهام نسبت به شما از مقامش در مدينه عزل كرد. امير مى داند شما از اين اتّهامات بركنار هستيد و در گفتار و كردار نيكتان صدق نيت داريد و خود را براى انجام موارد اتهام آماده نكرده ايد، و به جاى او محمد بن فضل را قرار داد و به او دستور اكرام و احترام و اطاعت از فرمان و نظر شما را داده است. ولى امير مشتاق شماست و دوست دارد با شما تجديد عهد نمايد; پس اگر شما هم ملاقات و ماندن نزد او را دوست داريد خود و هر كس از اهل بيت و دوستان و خادمان را كه مايل هستيد برگزينيد و در فرصت و وقت مناسب به سوى ما بياييد، وقت سفر و توقف در بين راه و انتخاب راه همه به اختيار شماست و اگر مايل باشيد يحيى بن هرثمه دوست امير و سپاهيانش در خدمت شما حركت كنند، هر طور صلاح بدانيد. به او دستور داده ايم از شما اطاعت نمايد; پس از خدا طلب خير كن تا امير را ملاقات كنى. هيچ كس از برادران و فرزندان و افراد خاندان و نزديكانش نزد او از شما عزيزتر نيست. والسلام».
